三維形貌儀的應用有三維表面輪廓測量、粗糙度測量、膜的臺階高度測量、空間分析和表面紋理表征、曲率測量、二維薄膜應力測量、表面質量和缺陷檢測等。

　　三維形貌儀的幾大校準方法：

　　1.三維形貌校準

　　這一校準都和形貌測量的“高度”結果相關，所以稱為三維校準。主要包括對干涉物鏡參考面形貌誤差的標定；以及使用標準臺階塊對臺階高度測試精度校準。

　　2.二維光強校準

　　這一校準和成像視場范圍內的“光強”信號相關。設備有一些功能，可以增強用戶對樣品表面觀察效果。比如在某觀測模式下，可以自動去除視場中黑白條紋，更清楚地觀測表面紋理；真彩模式可以復現表面彩色信息。

　　由于以上功能相關標定都只涉及“光強”，不涉及到形貌高度，所以稱為二維光強校準。

　　3.橫向校準

　　這一校準是為了標定在當前設置下，每個像素在橫向上代表的尺寸大小。

　　三維形貌儀很多測試結果和分析設置，如溝槽寬度，孔徑尺寸，坡度斜率，空間濾波，拼接測量，都基于或和橫向尺寸相關。對于這些結果和分析，橫向尺寸的標定是至關重要的。